1. Tidak terenkripsi
WhatsApp MOD, umumnya aplikasi ini tidak terenkripsi dan rentan bocor kepada pihak ketiga yang dapat menjadi ancaman keamanan privasi pengguna.
2. Tidak dapat melakukan pembaruan
Pembaruan di WhatsApp MOD cenderung sulit karena tidak otomatis seperti pada WhatsApp resmi. Pengguna sering kali harus masuk ke link tautan yang bisa saja berisi malware.
3. Berisiko kena blokir
Merujuk pada situs resmi WhatsApp, WhatsApp Inc. Akan menindak tegas pengguna WhatsApp bodong dengan melakukan blokir akun sementara hingga permanen.
4. Membahayakan perangkat
WhatsApp modifikasi lebih mungkin membawa virus yang dapat membahayakan perangkat, data, serta keamanan privasi pengguna.
5. Mengandung iklan
Keberadaan iklan tersebut tentu dapat mengganggu pengguna saat sedang menjalankan aplikasi.